1960年頃にこの小合溜で見られた水辺環境を再生するための保全区（建築等一定の制限をかけられたエリア）。水元公園の魅力が凝縮されたエリアで、たくさんの水辺の植物や生物、そして歴史を見ることができます。そのため自転車の乗り入れ、ペット同伴での入場はできません。
概要
| 名称 | 「水辺のさと」（保全区） |
| 開園時間 | 9:00～16:30（入場は16:00まで） 休園日： 月曜日（月曜日が祝日の場合は火曜日） |
| 入園料 | 無料 |
水生生物展示池・ミジンコ池エリア
水辺のさととは
1960年頃の小合溜（公園中央の大きな溜池）などで見られた豊かな水辺環境を再生するために、東京都水産試験場の跡地に2006年に開園しました。金魚展示場、復元池、水質浄化池など6つほどのエリアで構成されています。
ミジンコ池
金魚の餌となるミジンコを養殖しているミジンコ池。金魚は10日に一回の割合で産卵し、一回の産卵につき1000～3000の卵を産みます。金魚では生後1日～2日後からミジンコを餌として与えなければなりませんが、その量は稚魚の３～４倍！ 1日一回、生後2週間目くらいまで毎日与えるそうです（施設看板より）
水生生物展示池
かつて水産試験場で使っていた養魚池の形状を活かして水生生物を展示。6つほどあり観察しやすいように水面を高くした池もあります。
空から見るとこのような形をしています。
水辺のさとの歴史
名称にあるとおり、この一画は「東京都水産試験場」という都の施設の跡地で、東京都の水産業に関する試験研究機関があった場所でした。戦後の貴重なたんぱく源として鮒や鯉の養殖などの研究を行っていたそうです。その後世の中も豊かになったことを受け「東京都水産試験場」はその役割を終え、1997年には港区に移転。現在では他の関連する機関と統合されて東京都島しょ農林水産総合センターとなっているとのことです。
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